대전·충남권 첫 소아병원이 1998년 7월 24일 문을 열었다. 1984년 충남대학교병원 신축 이전과 1995년 법인화 이후 가장 큰 결실로 손꼽힌다. 소아병원 건립을 향한 노력은 신축 이전 이후부터 지속적으로 이뤄졌다. 당시 급격히 늘어나는 인구와 더불어 유·아동만을 전문적으로 치료하는 병원이 필요하다는 데는 이견이 없었던 상황. 정부에 모자병원 설립을 처음 건의했고, 긍정적인 화답에 따라 충남대학교병원은 ‘소아병원’으로 가닥을 잡았다. 하지만 전문 의료인력과 장비·시설 등 필수요건을 갖추고 설립허가를 받기까지는 오랜 시간과 구성원들의 땀이 필요했다. 마침내 1989년 12월 기공식이 치러진 이후 9년 만에 한강 이남의 유일한 소아병원이 둥지를 틀었다. 소아병원은 독립된 건물에 20여 개 분야의 각종 전문진료 클리닉과 부대시설(도서관, 놀이방, 상담실 등)을 갖추고 어린이에게 친근한 인테리어를 선보였다. 당시 245병상과 최첨단 장비를 구비해 태아에서부터 청소년에 이르기까지 다양한 질환을 다루며 우리나라 미래를 끌어갈 어린이의 건강을 돌보는 역할을 하게 된다.